切符払戻は台風運休決定後のほうがよさそうです

　あおがしま丸の運行を予想する気象予報士ではありませんし、みどりの窓口の駅員でもありません。
　コメント欄に質問をお寄せいただくことは嬉しいですが、私はそのような関係者ではありませんので、答えていいかどうか迷いもありますが・・・気象庁の出した予想図を見ながら、この日は船が動くかどうか予想しているだけですし、市販されている「切符のルール」の本を読んだりしていますので、１００％正確だとは言い切れません。

　台風による運休が決まる前と、運休決定後の切符取扱いは大きく異なります。

　１．運休決定前の取扱い

　運休決定前だと、「お客様のご都合による払戻」になり、指定席特急券は２日前までなら３３０円、出発前日から出発時刻までは３０％の手数料がかかります。
　運休発表前に旅行を変更したい場合は、「乗変」扱いになります。１回に限って同じ種類のきっぷに手数料なしで変更できます。この場合、不足があればお支払いいただき、余りがあるときはお返しします。２回目以降の変更は、いったん、払い戻して、買い直しになります。

　
　２．運休決定後の取扱い

　運休決定後なら、無条件で満額返金になります。
　寝台特急が運休になり、翌日の新幹線への振替はできるかというご質問ですが、寝台特急は１日１本しかなく、救済措置として新幹線への振替はできません。
　運休する特急指定席、寝台券は満額で返金になりますので、翌日の新幹線へ改めてお買い求めになります。
　運休決定後、旅行を中止される場合は、乗車券や特急券などは満額払戻。旅行方法を変更する場合は、「乗変」扱いなしで、新規購入する形になります。

　指定席券を購入しておき、運休が決まったら１年間は「払戻」はできます。クレジットカードで買われたもので、ＪＲ他社では払戻ができない場合は、券面に運休の証明をもらっておき、購入したＪＲ会社の窓口で１年以内なら払戻を受けることはできます。

　２０１３（平成２５）年４月から、クレジットカードで買われても、ＪＲ他社間で調整できるような制度が導入されましたが、「ここで証明をしますので、購入されたところの窓口で払戻を受けてください」と積極的に案内はしていないようです。
　例えば、ＪＲ北海道の駅で購入し、九州の自宅へ帰ったとします。運休が決まったときに最寄りの駅で運休証明をもらっておき、１年以内に北海道で払い戻すなんて、遠くて無駄な労力を強いられてしまいます。ＪＲ北海道で決済し、カード会社からＪＲ北海道に売上金が入ってきます。九州で払戻となると、北海道の売上金を九州に返金するといった、ややこしい調整が必要になるからでしょうか。原則としては、それも可能になっているはずなので、そのような場面に遭遇した場合は「ＪＲ他社間で調整できるような制度が導入されたはずなんですが・・・」と粘ってみる必要はありそうです。